O projeto Núcleo de Medicina Antroposófica – NUMA-UNIFESP se iniciou com a criação do Setor Interdepartamental de Medicina Antroposófica – SIMA /UNIFESP influenciado pela Portaria 1600 do Ministério da Saúde (MS), uma Portaria específica para a Medicina Antroposófica anexa a Portaria 971 de 03/05/2006, que instituiu a Política Nacional de Práticas Integrativas e Complementares (PNPIC), no Sistema Único de Saúde – SUS. A posição em que a Medicina – MA foi colocada nessa Portaria, fez com que o Ministério da Saúde criasse o Observatório de Medicina Antroposófica – MA no SUS, para que ela fosse incluída no PNPIC. Uma dessas unidades observadas foi organizada na UNIFESP com o nome de SIMA e iniciou suas atividades em 26 de novembro de 2007.
Em 2009 o Conselho Técnico Administrativo – CTA definiu que o projeto deveria ser alocado dentro do Departamento de Obstetrícia enquanto um núcleo de estudos e assim de SIMA passamos a ser reconhecidos como um Núcleo de Estudo de Medicina Integrada à Saúde da Mulher Gestante, também chamado Núcleo de Medicina Antroposófica – NUMA.
Apesar da ação num único Departamento durante todo esse tempo, o projeto traçado no campo da pesquisa científica, do ensino e da assistência manteve-se como os grandes pilares desse projeto até os dias atuais.
Em 2011, foi implementado o NUMEPI – Núcleo de Medicina e Práticas Integrativas, graças à atuação do NUMA, juntamente com grupos de outros Departamentos defensores de Medicina Alternativa e Complementar. A partir de então, o NUMEPI representa o NUMA, perante a Pró-Reitoria de Extensão, com regimento próprio e responsável pelo movimento de todas as medicinas e práticas integrativas.